Το Σύμπαν προήλθε από το υπάρχον χάος μέσα από τη μορφή, δηλαδή το μέτρο και την αρμονία. Πρώτος ο Πυθαγόρας το ονόμασε Κόσμο, δηλαδή Τάξις, εξ αιτίας της αρμονίας που επικρατούσε σε αυτό.
Στην σχολή του, που στην είσοδό της υπήρχε ένα άγαλμα του Ερμή του Λογίου, με την επιγραφή “Εκάς βέβηλοι”, δίδασκε τους αριθμούς κατά βάση και πολλά άλλα επιστημονικής ή εσωτερικής φύσης θέματα. Οι αριθμοί, η γεωμετρία και η μουσική οδηγούν στην κατανόηση των κοσμικών φαινομένων.